Pakiet: bifrost (1.3.1-1)

Odnośniki dla bifrost

Śledzenie łatek systemu eLxr

Pobieranie pakietu źródłowego bifrost:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Inne pakiety związane z bifrost

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C Library: Shared libraries
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

GCC support library
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU Standard C++ Library v3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

compression library - runtime

Pobieranie bifrost

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	500,0 KiB	1 222,0 KiB	[lista plików]