eLxr packagesPakiet: augustus (3.5.0+dfsg-2)
Odnośniki dla augustus
Pobieranie pakietu źródłowego augustus:
Opiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [bioinf.uni-greifswald.de]
Podobne pakiety:
gene prediction in eukaryotic genomes
AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.
Inne pakiety związane z augustus
|
|
|
|
-
- dep: augustus-data
- data files for AUGUSTUS
-
- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)
- Boost.Iostreams Library
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C Library: Shared libraries
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2)
- column approximate minimum degree ordering library for sparse matrices
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]
- GCC support library
- dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64]
-
- dep: libgsl27 (>= 2.7.1)
- GNU Scientific Library (GSL) -- library package
-
- dep: libhts3 (>= 1.10)
- Pakiet niedostępny
-
- dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)
- MariaDB database client library
-
- dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~)
- Pakiet niedostępny
-
- dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)
- SQLite 3 shared library
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU Standard C++ Library v3
-
- rec: samtools
- Pakiet niedostępny
-
- sug: cdbfasta
- Constant DataBase indexing and retrieval tools for multi-FASTA files
-
- sug: diamond-aligner
- Pakiet niedostępny
-
- sug: libdbd-mysql-perl
- Pakiet niedostępny
-
- sug: libfile-which-perl
- Perl module for searching paths for executable programs
-
- sug: libparallel-forkmanager-perl
- Pakiet niedostępny
-
- sug: libyaml-perl
- YAML Ain't Markup Language
-
- sug: python3-biopython
- Pakiet niedostępny
Pobieranie augustus
| Architektura | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
|---|---|---|---|
| amd64 | 2 000,1 KiB | 10 856,0 KiB | [lista plików] |
| arm64 | 1 715,1 KiB | 10 617,0 KiB | [lista plików] |