[ bianca ]
[ aria ]
[ Fonte: ariba ]
Pacote: ariba (2.14.6+ds-5 e outros)
Links para ariba
Baixe o pacote-fonte ariba:
Mantenedores(as):
Fontes externas:
- Pagina principal [github.com]
Pacotes similares:
Antibiotic Resistance Identification By Assembly
ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.
Outros pacotes relacionados a ariba
|
|
|
|
-
- dep: bowtie2
- ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- dep: cd-hit
- suite of programs designed to quickly group sequences
-
- dep: fastaq
- Pacote não disponível
-
- dep: libc6 (>= 2.14)
- GNU C Library: Shared libraries
também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb
-
- dep: libfml0 (>= 0.1)
- Pacote não disponível
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC support library
-
- dep: libminimap0 (>= 0.2)
- Pacote não disponível
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ Library v3
-
- dep: mash
- Pacote não disponível
-
- dep: mummer
- Pacote não disponível
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (<< 3.12)
- dep: python3 (>= 3.11~)
-
- dep: python3-biopython
- Pacote não disponível
-
- dep: python3-bs4
- error-tolerant HTML parser for Python 3
-
- dep: python3-dendropy
- Pacote não disponível
-
- dep: python3-matplotlib
- Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)
-
- dep: python3-pymummer
- Pacote não disponível
-
- dep: python3-pysam
- Pacote não disponível
-
- dep: python3-tk
- Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- compression library - runtime
-
- sug: spades
- Pacote não disponível
Download de ariba
| Arquitetura | Versão | Tamanho do pacote | Tamanho instalado | Arquivos |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.14.6+ds-5+b1 | 1,909.9 kB | 20,451.0 kB | [lista de arquivos] |