eLxr packages [ bianca ]
[ aria ]
[ Källkod: augur ]
Paket: augur (20.0.0-1)
Länkar för augur
Hämta källkodspaketet augur:
Ansvariga:
Externa resurser:
- Hemsida [github.com]
Liknande paket:
pipeline components for real-time virus analysis
The nextstrain project is an attempt to make flexible informatic pipelines and visualization tools to track ongoing pathogen evolution as sequence data emerges. The nextstrain project derives from nextflu, which was specific to influenza evolution.
nextstrain is comprised of three components:
* fauna: database and IO scripts for sequence and serological data * augur: informatic pipelines to conduct inferences from raw data * auspice: web app to visualize resulting inferences
Andra paket besläktade med augur
|
|
|
|
-
- dep: fasttree
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: mafft
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-bcbio-gff
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-biopython
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-boto3
- Python interface to Amazon's Web Services - Python 3.x
-
- dep: python3-cvxopt
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-dendropy
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-ipdb
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-isodate
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-jsonschema
- An(other) implementation of JSON Schema (Draft 3, 4, 6, 7)
-
- dep: python3-matplotlib
- Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)
-
- dep: python3-networkx
- tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)
-
- dep: python3-numpy
- Fast array facility to the Python 3 language
-
- dep: python3-packaging
- core utilities for python3 packages
-
- dep: python3-pandas
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-pyfastx
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-schedule
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-scipy
- scientific tools for Python 3
-
- dep: python3-seaborn
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-treetime (>= 0.9.4)
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-xopen (>= 1.7.0-1~)
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-zstandard
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: raxml
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: seqmagick
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: vcftools
- Paketet inte tillgängligt
-
- rec: iqtree
- Paketet inte tillgängligt
Hämta augur
| Arkitektur | Paketstorlek | Installerad storlek | Filer |
|---|---|---|---|
| all | 182,9 kbyte | 829,0 kbyte | [filförteckning] |