Paket: stringtie (2.2.1+ds-3 och andra)

Länkar för stringtie

eLxr Patch Tracker

Hämta källkodspaketet stringtie:

Ansvariga:

Externa resurser:

Hemsida [ccb.jhu.edu]

Liknande paket:

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Andra paket besläktade med stringtie

beror

rekommenderar

föreslår

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [amd64]

GNU C Library: Shared libraries
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

GCC support library
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

GNU Standard C++ Library v3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

rec: stringtie-examples

Paketet inte tillgängligt

sug: cufflinks

Paketet inte tillgängligt

Hämta stringtie

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	2.2.1+ds-3+b1	404,4 kbyte	1.025,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	2.2.1+ds-3+b2	363,9 kbyte	1.005,0 kbyte	[filförteckning]