Paquet : bowtie2 (2.5.4-1 et autres)

Liens pour bowtie2

Suivis des correctifs pour eLxr

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Ressources externes :

Page d'accueil [bowtie-bio.sourceforge.net]

Paquets similaires :

ultrafast memory-efficient short read aligner

is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes

Autres paquets associés à bowtie2

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.38)

GNU C Library: Shared libraries
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64]

GCC support library

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]
dep: libstdc++6 (>= 14)

GNU Standard C++ Library v3
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

compression library - runtime

sug: bowtie2-examples

Examples for bowtie2

Télécharger bowtie2

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.5.4-1+b2	1 469,7 ko	5 941,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.5.4-1+b2	1 366,3 ko	5 321,0 ko	[liste des fichiers]