Пакет: bowtie2 (2.5.4-1 и другие)

Ссылки для bowtie2

Отслеживание заплат eLxr

Исходный код bowtie2:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [bowtie-bio.sourceforge.net]

Подобные пакеты:

ultrafast memory-efficient short read aligner

is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes

Другие пакеты, относящиеся к bowtie2

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.38)

GNU C Library: Shared libraries
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64]

GCC support library

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]
dep: libstdc++6 (>= 14)

GNU Standard C++ Library v3
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

compression library - runtime

sug: bowtie2-examples

Examples for bowtie2

Загрузка bowtie2

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.5.4-1+b2	1 469,7 Кб	5 941,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.5.4-1+b2	1 366,3 Кб	5 321,0 Кб	[список файлов]