Пакет: pizzly (0.37.3+ds-9 и другие)

Ссылки для pizzly

Отслеживание заплат eLxr

Исходный код pizzly:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Другие пакеты, относящиеся к pizzly

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: kallisto

near-optimal RNA-Seq quantification
dep: libc6 (>= 2.34) [amd64]

GNU C Library: Shared libraries
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

GCC support library
dep: libstdc++6 (>= 12) [amd64]

GNU Standard C++ Library v3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64]
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

compression library - runtime

rec: python3-h5py

general-purpose Python interface to hdf5

Загрузка pizzly

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	0.37.3+ds-9	285,5 Кб	864,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.37.3+ds-9+b2	262,0 Кб	929,0 Кб	[список файлов]