eLxr packages [ aria ]
[ bianca ]
[ ソース: augur ]
パッケージ: augur (20.0.0-1)
pipeline components for real-time virus analysis
The nextstrain project is an attempt to make flexible informatic pipelines and visualization tools to track ongoing pathogen evolution as sequence data emerges. The nextstrain project derives from nextflu, which was specific to influenza evolution.
nextstrain is comprised of three components:
* fauna: database and IO scripts for sequence and serological data * augur: informatic pipelines to conduct inferences from raw data * auspice: web app to visualize resulting inferences
その他の augur 関連パッケージ
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- dep: fasttree
- パッケージは利用できません
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- dep: mafft
- パッケージは利用できません
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: python3-bcbio-gff
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-biopython
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-boto3
- Python interface to Amazon's Web Services - Python 3.x
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- dep: python3-cvxopt
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-dendropy
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-ipdb
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-isodate
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-jsonschema
- An(other) implementation of JSON Schema (Draft 3, 4, 6, 7)
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- dep: python3-matplotlib
- Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)
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- dep: python3-networkx
- tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)
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- dep: python3-numpy
- Fast array facility to the Python 3 language
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- dep: python3-packaging
- core utilities for python3 packages
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- dep: python3-pandas
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-pyfastx
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-schedule
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-scipy
- scientific tools for Python 3
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- dep: python3-seaborn
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-treetime (>= 0.9.4)
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-xopen (>= 1.7.0-1~)
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-zstandard
- パッケージは利用できません
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- dep: raxml
- パッケージは利用できません
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- dep: seqmagick
- パッケージは利用できません
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- dep: vcftools
- パッケージは利用できません
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- rec: iqtree
- パッケージは利用できません