eLxr packages [ aria ]
[ bianca ]
[ Источник: augur ]
Пакет: augur (20.0.0-1)
Ссылки для augur
Исходный код augur:
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [github.com]
Подобные пакеты:
pipeline components for real-time virus analysis
The nextstrain project is an attempt to make flexible informatic pipelines and visualization tools to track ongoing pathogen evolution as sequence data emerges. The nextstrain project derives from nextflu, which was specific to influenza evolution.
nextstrain is comprised of three components:
* fauna: database and IO scripts for sequence and serological data * augur: informatic pipelines to conduct inferences from raw data * auspice: web app to visualize resulting inferences
Другие пакеты, относящиеся к augur
|
|
|
|
-
- dep: fasttree
- Пакет недоступен
-
- dep: mafft
- Пакет недоступен
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-bcbio-gff
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-biopython
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-boto3
- Python interface to Amazon's Web Services - Python 3.x
-
- dep: python3-cvxopt
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-dendropy
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-ipdb
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-isodate
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-jsonschema
- An(other) implementation of JSON Schema (Draft 3, 4, 6, 7)
-
- dep: python3-matplotlib
- Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)
-
- dep: python3-networkx
- tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)
-
- dep: python3-numpy
- Fast array facility to the Python 3 language
-
- dep: python3-packaging
- core utilities for python3 packages
-
- dep: python3-pandas
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-pyfastx
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-schedule
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-scipy
- scientific tools for Python 3
-
- dep: python3-seaborn
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-treetime (>= 0.9.4)
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-xopen (>= 1.7.0-1~)
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-zstandard
- Пакет недоступен
-
- dep: raxml
- Пакет недоступен
-
- dep: seqmagick
- Пакет недоступен
-
- dep: vcftools
- Пакет недоступен
-
- rec: iqtree
- Пакет недоступен
Загрузка augur
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| all | 182,9 Кб | 829,0 Кб | [список файлов] |