eLxr packages [ bianca ]
[ aria ]
[ ソース: ariba ]
パッケージ: ariba (2.14.6+ds-5 など)
Antibiotic Resistance Identification By Assembly
ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.
その他の ariba 関連パッケージ
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- dep: bowtie2
- ultrafast memory-efficient short read aligner
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- dep: cd-hit
- suite of programs designed to quickly group sequences
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- dep: fastaq
- パッケージは利用できません
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- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C Library: Shared libraries
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
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- dep: libfml0 (>= 0.1)
- パッケージは利用できません
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC support library
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- dep: libminimap0 (>= 0.2)
- パッケージは利用できません
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ Library v3
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- dep: mash
- パッケージは利用できません
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- dep: mummer
- パッケージは利用できません
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (<< 3.12)
- dep: python3 (>= 3.11~)
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- dep: python3-biopython
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-bs4
- error-tolerant HTML parser for Python 3
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- dep: python3-dendropy
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-matplotlib
- Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)
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- dep: python3-pymummer
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-pysam
- パッケージは利用できません
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- dep: python3-tk
- Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- compression library - runtime
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- sug: spades
- パッケージは利用できません