eLxr packages [ bianca ]
[ aria ]
[ Bron: ariba ]
Pakket: ariba (2.14.6+ds-5 en anderen)
Verwijzigingen voor ariba
Het bronpakket ariba downloaden:
Beheerders:
Externe bronnen:
- Homepage [github.com]
Vergelijkbare pakketten:
Antibiotic Resistance Identification By Assembly
ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.
Andere aan ariba gerelateerde pakketten
|
|
|
|
-
- dep: bowtie2
- ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- dep: cd-hit
- suite of programs designed to quickly group sequences
-
- dep: fastaq
- Pakket niet beschikbaar
-
- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C Library: Shared libraries
Ook een virtueel pakket geboden door: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
-
- dep: libfml0 (>= 0.1)
- Pakket niet beschikbaar
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC support library
-
- dep: libminimap0 (>= 0.2)
- Pakket niet beschikbaar
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ Library v3
-
- dep: mash
- Pakket niet beschikbaar
-
- dep: mummer
- Pakket niet beschikbaar
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (<< 3.12)
- dep: python3 (>= 3.11~)
-
- dep: python3-biopython
- Pakket niet beschikbaar
-
- dep: python3-bs4
- error-tolerant HTML parser for Python 3
-
- dep: python3-dendropy
- Pakket niet beschikbaar
-
- dep: python3-matplotlib
- Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)
-
- dep: python3-pymummer
- Pakket niet beschikbaar
-
- dep: python3-pysam
- Pakket niet beschikbaar
-
- dep: python3-tk
- Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- compression library - runtime
-
- sug: spades
- Pakket niet beschikbaar