[ bianca ]
[ aria ]
[ Källkod: ariba ]
Paket: ariba (2.14.6+ds-5 och andra)
Länkar för ariba
Hämta källkodspaketet ariba:
Ansvariga:
Externa resurser:
- Hemsida [github.com]
Liknande paket:
Antibiotic Resistance Identification By Assembly
ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.
Andra paket besläktade med ariba
|
|
|
|
-
- dep: bowtie2
- ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- dep: cd-hit
- suite of programs designed to quickly group sequences
-
- dep: fastaq
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C Library: Shared libraries
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
-
- dep: libfml0 (>= 0.1)
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC support library
-
- dep: libminimap0 (>= 0.2)
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ Library v3
-
- dep: mash
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: mummer
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (<< 3.12)
- dep: python3 (>= 3.11~)
-
- dep: python3-biopython
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-bs4
- error-tolerant HTML parser for Python 3
-
- dep: python3-dendropy
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-matplotlib
- Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)
-
- dep: python3-pymummer
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-pysam
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3-tk
- Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- compression library - runtime
-
- sug: spades
- Paketet inte tillgängligt
Hämta ariba
| Arkitektur | Version | Paketstorlek | Installerad storlek | Filer |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.14.6+ds-5+b1 | 1.909,9 kbyte | 20.451,0 kbyte | [filförteckning] |
| arm64 | 2.14.6+ds-5+b1 | 1.906,2 kbyte | 20.531,0 kbyte | [filförteckning] |