[ aria ]
[ bianca ]
[ Источник: ariba ]
Пакет: ariba (2.14.6+ds-5 и другие)
Ссылки для ariba
Исходный код ariba:
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [github.com]
Подобные пакеты:
Antibiotic Resistance Identification By Assembly
ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.
Другие пакеты, относящиеся к ariba
|
|
|
|
-
- dep: bowtie2
- ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- dep: cd-hit
- suite of programs designed to quickly group sequences
-
- dep: fastaq
- Пакет недоступен
-
- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C Library: Shared libraries
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
-
- dep: libfml0 (>= 0.1)
- Пакет недоступен
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC support library
-
- dep: libminimap0 (>= 0.2)
- Пакет недоступен
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ Library v3
-
- dep: mash
- Пакет недоступен
-
- dep: mummer
- Пакет недоступен
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (<< 3.12)
- dep: python3 (>= 3.11~)
-
- dep: python3-biopython
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-bs4
- error-tolerant HTML parser for Python 3
-
- dep: python3-dendropy
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-matplotlib
- Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)
-
- dep: python3-pymummer
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-pysam
- Пакет недоступен
-
- dep: python3-tk
- Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- compression library - runtime
-
- sug: spades
- Пакет недоступен
Загрузка ariba
| Архитектура | Версия | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.14.6+ds-5+b1 | 1 909,9 Кб | 20 451,0 Кб | [список файлов] |
| arm64 | 2.14.6+ds-5+b1 | 1 906,2 Кб | 20 531,0 Кб | [список файлов] |